1、熱力消毒法
熱力消毒包括純蒸汽滅菌、80度巴氏消毒和過熱水消毒等。純化水系統的離子交換樹脂、反滲透、電滲析、電法去離子等裝置一般不宜采用高溫消毒，否則會產生老化、破碎或損壞。
2、紫外消毒法
用于消毒的紫外光波長分別為254nm及185nm，常用波長地254μm左右區段的紫外線對純化水消毒，它能降低水系統新菌落的生成速度，但對于浮游生物來說，它僅是部分有效，通過照射，它殺滅水中微生物的量不超過90%。因此，它的穿透力較差，故其石英管應定期清潔。
3、化學消毒法
化學方法消毒的材料種類很多，較常見的有氧類和氯類。氯類氧化劑有液氯、次氯酸鈉、次氯酸鈣、二氧化氯等;氧類氧化劑有臭氧、過氧化氫和高錳酸鉀等。臭氧是一種強氧化劑，在水處理系統中對除臭、脫色、殺菌，除酚、氰、鐵、錳等都有明顯效果。考慮到化學方法消毒對純化水系統的殘留問題，目前臭氧消毒在國內藥廠的純化水裝置中有較多的應用。
消毒是一種控制水系統微生物污染的重要手段，較常見的就有以上這三種消毒法。對于純化水設備還要建議大家了解一下為什么純化水設備要設置自動沖洗功能等內容。
